Prima arrivò il doppio successo bianconero: la Juve superò 1-0 il Brugge al Delle Alpi con un gol di Alessandro Del Piero, mentre l'Udinese ribaltò il match ad Atene contro il Panathinaikos con una doppietta di Vincenzo Iaquinta per il 2-1 dei friulani.
Poi le milanesi rifilarono entrambe un 4-0 ai loro avversari: il Milan tornò a Istanbul dopo 6 mesi annientando il Fenerbahce con uno splendido poker di Andriy Shevchenko e l'Inter asfaltò la matricola slovacca dell'Artmedia Petrzalka trascinata da Adriano (tripletta) dopo la rete iniziale di Luis Figo.

Come finì per le italiane l'edizione 2005-2006? L'Udinese uscì nel girone a causa dello scontro diretto perso contro il Werder Brema e la sconfitta al Friuli contro il Barcellona. Juve e Inter passarono come prime dei rispettivi gruppi e superarono gli ottavi, ma si arresero ai quarti contro Arsenal e Villarreal. Fatali per entrambe le sconfitte fuori casa: 2-0 ad Highbury firmato Fabregas-Henry dei Gunners sulla Vecchia Signora e 1-0 con il colpo di testa di Rodolfo Arruabarrena che ribaltò il 2-1 di San Siro e regalò la semifinale al Submarino Amarillo.
Il Milan, invece, arrivò quasi fino in fondo e uscì col Barcellona, poi campione a Parigi. Della doppia sfida tra rossoneri e blaugrana sono memorabili il tocco di Ludovic Giuly sull'assist al bacio di Ronaldinho per l'1-0 all'andata a San Siro e soprattutto il clamoroso gol annullato a Shevchenko al Camp Nou. Forse con il Var la storia sarebbe cambiata e ad affrontare l'Arsenal ci sarebbe arrivata la squadra di Carlo Ancelotti al posto dei catalani, che riuscirono a ribaltare il match allo Stade de France con Samuel Eto'o e Juliano Belletti capaci di rispondere al vantaggio di Sol Campbell arrivato dopo l'espulsione (la prima storica in una finale) di Jens Lehmann.