Halilovic ha partecipato ai primi test a Milanello. Classe 1996, Halilovic muove i primi passi nella Dinamo Zagabria (2012-2014), in cui ottiene due campionati e una Supercoppa croata. Nel 2012 diventa il secondo più giovane esordiente in Champions League. Poi arriva a Barcellona nel 2014, scende in campo tra i "grandi" nel gennaio 2015 contro l'Elche in Coppa del Re, anche se gioca soprattutto nella formazione B. Al Barça mette in bacheca una Champions, una Supercoppa Europea, una Liga e una Coppa del Re. In estate va in prestito allo Sporting Gijon: 36 partite, 3 reti, la prima in Liga e una doppietta in un solo anno. Nel 2016 firma (a titolo definitivo) per l'Amburgo. La poca continuità e qualche problema fisico non lo hanno visto protagonista in Bundesliga, a tal punto che nella scorsa stagione è stato girato in prestito a Las Palmas (20 presenze e 2 gol).