Il 13 luglio del 2014, quando vestiva ancora la maglia del Cagliari, Nainggolan è finito nella bufera dopo un litigio con la moglie Claudia per motivi di gelosia. Il belga ha perso la testa quando la moglie gli ha svelato di aver letto alcuni suoi sms e dalle parole grosse si è passati ben presto alle mani. La donna, riempita di schiaffi e pugni, si è barricata in auto per sfuggire all'aggressione. Accompagnata al pronto soccorso, le sono stati assegnati 20 giorni di prognosi. I due fecero subito pace e smentirono tutta la ricostruzione via Twitter. "Solo per litigio! Non ho assolutamente messo le mani addosso!!! Ma scherziamo...?" la difesa di Nainggolan. Più tardi anche la compagna lo discolpa: "Chi è che non litiga con il proprio marito? Si è trattato solo di un diverbio. La vita di coppia è fatta di amori e litigi, i soldi non c'entrano".

Sono diverse anche le liti, soprattutto via social, con i tifosi, in particolare quelli juventini. Nel 2014, dopo la sconfitta della Roma all'Allianz Arena contro il Bayern, venne accusato di simulazione dopo un contatto inesistente con Neuer. "Bello simulare, eh? Ma non sei in Italia, non ti regalano i rigori" gli scrisse un tifoso chiamato "Juve nel cuore". Nainggolan replicò: "Ne sai qualcosa?".

Il 27 luglio 2015 sono stati appena sorteggiati i calendari di Serie A, e Nainggolan si mette a litigare con i tifosi della Juve via Twitter: "Meglio uno scudetto con la Roma che dieci con la Juve". Giù il diluvio di botta e risposta.

Prima degli Europei 2016, commentando il possibile addio di Pjanic in direzione Torino, rivelò: "Io alla Juve non andrei mai". Concetto ribadito a notte fonda fuori da un locale di Roma l'8 febbraio 2017: "Io sono contro la Juve perché la odiavo prima di arrivare a Cagliari, ha sempre vinto su rigore o punizione. Sono venuto alla Roma perché volevo vincere contro la Juve che aveva sempre avuto questi aiuti".

Ad agosto di quest'anno, hanno fatto scalpore le immagini che lo ritraevano assieme a Fabrizio Corona in una discoteca di Dalmine, durante la quale aveva fatto il dito medio ad un tifoso che gli diceva di andare a dormire.

Il 26 marzo 2017 Nainggolan viene fermato in Belgio alle 7 di mattina, di ritorno da una serata in discoteca il giorno dopo Belgio-Grecia. La polizia belga ha sostenuto che il belga avesse un tasso alcolico di 2 milligrammi per litro, quattro volte il consentito. Una ricostruzione sempre negata dall'interessato, che ha sempre sostenuto che alla guida ci fosse il suo amico Zinho Chergui, un ex giocatore professionista. Una versione che non ha convinto il giudice che, un anno dopo il fatto, gli ha sospeso la patente per un mese e lo ha condannato a una multa di 1600 euro.

Il 2018 della Roma si è aperto con il botto a causa del Capodanno sopra le righe di Naiggolan. Il belga, infatti, pubblicò e poi rimosse una serie di video della festa che chiude l'anno in cui fumava, beveva e bestemmiava ubriaco. Le scuse del giorno dopo non bastarono a placare l'ira della società: multa salata e niente convocazione per la sfida contro l'Atalanta.

Il belga, qualche settimana fa, ha sporto denuncia ai carabinieri di Milano, accompagnato da uomo di fiducia dell'Inter, per un assegno clonato della cifra di 150mila euro. Soldi sottratti al calciatore da una banda di malviventi del Lazio. Le indagini dei carabinieri, però, hanno scoperto che quell'assegno era destinato al Casinò di Montecarlo per coprire la grosso perdita al tavolo verde in una serata di agosto. Un vizietto per il Ninja visto che quello non era il primo assegno emesso destinato nel Principato. L'assegno clonato da 150mila euro, intanto, è stato incassato nel Lazio e toccherà alla procura di Velletri, dove sono state trasferite le denunce, indagare sul caso. Agli atti ci sono anche i filmati delle banche che riprendo i malviventi incassare la grossa cifra.