Il Gent strappa la qualificazione ai sedicesimi di finale all'ultimo secondo, decisiva una girata al volo da fuoriarea di Coulibaly al 94', che vale l'1-0 contro il Konyaspor. A farne le spese è il Braga che viene eliminato a causa del 2-4 subito in casa contro lo Shakhtar, dominatore assoluto del girone H con 18 punti. Non passa, invece, come prima nel gruppo L il Villarreal, i sottomarini gialli nonostante il 2-1 inflitto alla Steaua Bucarest (rete dell'1-0 dell'ex Sassuolo Sansone), cedono il primato ai turchi dell'Osmanlispor, vittoriosi in casa per 2-0 sullo Zurigo. Nel girone della Fiorentina, che passa come prima, è il Paok Salonicco a fare festa, il 2-0 allo Slovan Liberec permette ai greci di qualificarsi come seconda nel girone J.

Si qualificano ai sedicesimi anche Hapoel Beer Sheva, Krasnodar e Celta Vigo: gli israeliani chiudono al secondo posto il gruppo K dopo il pari 1-1 in casa del Southampton. Ai Saints non basta la rete di Van Dijk. Guidetti e Orellana affondano il Panathinaikos e mandano al turno successivo il Celta: nel Gruppo G rimane fuori lo Standard Liegi. L'Ajax già qualificato non si scansa e così al Maurice Dufrasne la squadra di Jankovic non va oltre l'1-1 subendo il sorpasso in classifica dei galiziani. Uscita di scena amarissima anche per il Red Bull Salisburgo: gli austriaci piegano 2-0 lo Schalke (prima della classe nel Girone I con 15 punti) ma la miglior differenza reti e il ko nel primo turno contro il Krasnodar premiano la formazione russa (sconfitta 2-1 all'Allianz Riviera dal Nizza di Balotelli, ultimo con sei punti). La storia più bella è senza dubbio quella dell'Hapoel Beer Sheva: una rete pesantissima di Buzaglo permette agli israeliani di qualificarsi alla fase ad eliminazione diretta con 8 punti.