Ci è voluta tutta la classe di Valentino per mettere la Yamaha in cima alla classifica dei tempi in FP3, al termine di una sessione in cui tutte le M1 in pista erano sembrate in grossa difficoltà nel tenere un buon passo gara. A conferma dello scarso feeling delle moto di Iwata con il tracciato di Brno c'è l'11° crono di Vinales, che anche con la mescola più morbida non è riuscito a risalire la china, chiudendo a 6 decimi dal vicino di box e vedendosi così costretto a partire dal Q1 nelle qualifiche del pomeriggio.

Indicazioni confortanti invece in casa Ducati: quella di Petrucci è stata la migliore Desmosedici in pista, mentre Lorenzo, dopo un venerdì da incubo, ha deciso di montare subito le nuove ali al cupolino e ha scalato la classifica fino alla terza posizione. Dovizioso ha centrato l'accesso diretto al Q2 solo all'ultimo assalto (e per appena mezzo decimo), ma ancora una volta è apparso competitivo sul passo gara, con le gomme più dure.

Il passo migliore, comunque, sembrano averlo le Honda. Non solo quella di Marquez, ma anche quelle di Pedrosa e Crutchlow (6° e 7° dietro alla Suzuki di Iannone). Il leader del mondiale si è dovuto accontentare della quarta piazza nell'attacco al tempo finale, ma è sembrato straordinariamente a suo agio con le mescole da gara. In top 10 anche la Yamaha Tech 3 di Zarco e la Ducati Avintia di un ottimo Tito Rabat.