Marc Marquez si conferma il più veloce sulla pista di Brno e centra la pole position nel GP della Repubblica Ceca. Il pilota HRC chiude il Q2 in 1'54''981, tenendosi alle spalle di pochissimo la Yamaha di uno straordinario Valentino Rossi (+ 0''092). Chiude la prima fila l'altra Honda di Pedrosa, mentre partiranno in quarta e sesta posizione le Ducati di Dovizioso e Lorenzo. Quinto tempo per Crutchlow, solamente settimo Maverick Vinales.
In seconda ci saranno entrambe le Ducati, con Dovizioso capace di centrare il quarto crono e Lorenzo (6°) sempre più a suo agio con la nuova carena della sua Desmosedici. Tra le due rosse di Borgo Panigale scatterà la Honda LCR di Cal Crutchlow, eroico nel tener duro nonostante il problema fisico con cui ha dovuto lottare dopo la brutta caduta rimediata in mattinata durante la FP3.
Delusione invece per Maverick Vinales, apparso nettamente più in difficoltà nel gestire la M1 rispetto a Rossi nel corso di tutto il weekend e alla fine solamente settimo in griglia. Accanto allo spagnolo in terza fila ci saranno le Ducati di Petrucci e Bautista (entrambi passati dal Q1).
Quarta fila per Johann Zarco, con la prima delle Yamaha Tech 3, a fianco di Aleix Espargaro (sull'Aprilia) e Loris Baz (Ducati). Giornata da incubo infne per Andrea Iannone: il pilota Suzuki prima cade in FP4, distruggendo la moto, poi deve fare i conti con un problema tecnico a quella di scorta, che gli impedisce di completare la Q1 e lo costringe al 20° posto finale.