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Giovanni Fabbian è cresciuto nelle giovanili del Padova, poi il trasferimento all'Inter, con cui nel 2021/22 vince il campionato Primavera. Nella stagione 2022/23 viene ceduto in prestito alla Reggina in Serie B, dove si mette in mostra segnando 8 gol in 36 presenze e venendo premiato come "Miglior giovane". Nell'estate del 2023, l'Inter lo cede a titolo definitivo al Bologna per 5 milioni di euro. Nella sua prima stagione in Serie A, sotto la guida di Thiago Motta, gioca 29 partite e segna 5 gol. Nella stagione 2024-2025 ha collezionato 30 presenze, realizzando 3 gol e fornendo 1 assist. Fabbian ha anche fatto parte delle nazionali giovanili italiane, debuttando con l'Under-21 il 27 marzo 2023.