Le Honda dunque alzano la voce e si mettono a dettare il ritmo. Crutchlow è stato il più veloce sul giro secco, seguito a ruota da un Pedrosa che sembra aver messo da parte i problemi alla mano operata dopo l'incidente dell'Argentina. Niente attacco al tempo finale per Marquez, caduto a tre minuti dalla fine del turno e costretto ad accontentarsi del 5° crono finale. Da sottolineare, però, che l'1'38''863 di Marc era stato ottenuto nei primi minuti del turno, montando la doppia gomma media, e che il suo passo era stato semplicemente inavvicinabile per tutti gli altri.

Andrea Dovizioso, che era stato il migliore nella FP1 della mattinata, ha faticato sul passo gara e al momento del time attack non è riuscito a completare un giro pulito e senza sbavature, dovendo accontentarsi del 6° tempo a quasi mezzo secondo dalla vetta. Alla sua ruota si sono piazzate altre due Ducati, quella di Lorenzo (a soli 8 millesimi da Dovi ma apparso ancora una volta nervoso nella ricerca del giusto assetto) e quella del team Pramac di Jack Miller.

Ancora più in difficoltà sono sembrate le Yamaha ufficiali, entrate in crisi specialmente con l'alzarsi delle temperature sulla pista andalusa. Valentino è riuscito comunque a centrare il 9° tempo (+ 0''634), garantendosi così un momentaneo accesso diretto al Q2, mentre Vinales dovrà provare ad aggiustare i cocci e risalire la china nella FP3 di sabato mattina. Lo spagnolo ha infatti chiuso con il 12° crono di giornata a 9 decimi esatti da Crutchlow, dietro alla KTM di Espargaro e all'altra Ducati Pramac di Petrucci. Non certo l'avvio di weekend che speravano i due piloti, arrivati in Europa a caccia di risposte dopo un inizio di stagione tutt'altro che esaltante.