Le imprevedibili condizioni atmosferiche della Sassonia non scompongono Marquez che, ormai da cinque anni, è il padrone incontrastato di questo circuito. Uno straordinario Petrucci (alla terza prima fila consecutiva dopo aver passato il primo taglio in Q1) prova fino all'ultimo a mettergli i bastoni tra le ruote, ma alla fine deve accontentarsi della seconda casella in griglia, seppur per soli 160 millesimi. In prima fila con loro, anche se decisamente più staccata, c'è l'altra HRC di Pedrosa (+ 0''647).

Con la pioggia che va e viene, gli scrosci d'acqua che sorprendono i piloti e la pista che si bagna e si asciuga in un batter d'occhio, ad annegare sono soprattutto le Yamaha: Valentino salva il salvabile centrando la terza fila al fianco dei fratelli Espargaro (miglior piazzamento stagionale per la KTM di Pol, 7°), mentre Maverick scivola in quarta con l'undicesimo tempo, finendo alle spalle della Ducati del leader mondiale Andrea Dovizioso (10°), anche lui stranamente in difficoltà sotto la pioggia.

Vinales è stato anche protagonista di uno screzio con Marquez in seguito a una carenata rifilatagli dal pilota HRC durante un incrocio di traiettorie, con i due spagnoli che hanno provato a spiegarsi alla fine del turno.

Fa meglio Jorge Lorenzo, che si aggrappa alla seconda fila dopo aver chiuso le qualifiche con il sesto tempo dietro alla Honda LCR di Cal Crutchlow e alla Tech 3 del padrone di casa Jonas Folger, prima delle Yamaha.

Non superano la Q1 invece il poleman di Assen, Johann Zarco (addirittura 19°) e uno sfortunato Andrea Iannone (16°), autore di una buona qualifica ma poi sorpreso da uno scroscio di pioggia improvviso che lo costringe a un lungo impedendogli di lottare fino in fondo per l'accesso in Q2.