A Le Mans cambia tutto a pochi minuti dalle qualifiche: una leggera pioggia infatti scompagina tutte le carte, facendo perdere ai piloti le poche certezze sulle migliori gomme da montare. Il più lucido si dimostra Marquez, in testa per tutta la durata delle qualifiche con i centauri Yamaha in confusione.

Il muso più lungo è quello di Lorenzo, che al mattino aveva dominato. Il maiorchino però non riesce a trovare il giusto feeling con la gomma a banda verde, la supersoft. Nei primi minuti delle qualifiche va infatti anche dritto in curva 8 e nell'ultimo tentativo monta la media sia sull'anteriore che sulla posteriore. Rossi opta invece per una scelta diversa: gomma supersoft davanti e media dietro. Ma in pista i risultati non si vedono.

Buon nono posto per Danilo Petrucci, che precede Aleix Espargarò. Lo spagnolo della Suzuki dopo una spaventosa caduta nelle terze libere corre in qualifica e conquista un piazzamento tutt'altro che negativo. Nuovo passo indietro, invece, per l'Aprilia: Bautista è 23°, Melandri 25° e ultimo.