All'accensione del semaforo verde non piove più, ma la pista è ancora bagnata. E' la terza volta negli ultimi quattro appuntamenti e ancora una volta ne esce fuori un risultato clamoroso e un'altro scossone alla classifica. Jorge Lorenzo naufraga di nuovo sotto l'acqua e dice addio alle sue speranze di bissare il titolo: 59 punti da rimontare su questo Marquez sembrano davvero troppi. Lo spagnolo della Honda invece è l'unica certezza, in qualsiasi condizione si presenti la pista lui c'è sempre. Dal canto suo Cal Crutchlow, dopo aver festeggiato tre settimane fa la nascita della prima figlia, si aggiudica per la prima volta una gara di MotoGP (quest'anno ci sono già riusciti Miller e Iannone). Il britannico peraltro aveva già mostrato di andare forte con le rain al Sachsenring dove aveva chiuso secondo. A Brno dalla sua c'è anche la scelta delle gomme, perché Cal è l'unico a montare la mescola dura da pioggia sia davanti che dietro. Con il passare dei giri queste gomme si mostrano più resistenti delle morbide e permettono al pilota della Honda di vincere con un grande distacco.

Strategia azzaccata questa volta anche da Valentino Rossi. Dopo gli errori commessi ad Assen e in Germania il pesarese indovina la scelta di montare la rain dura per il posteriore (come lui solo Lorenzo e Baz). La fortuna è anche che qui, a differenza del Sachsenring, la pista si asciuga molto lentamente scongiurando così il flag to flag. Vale parte malissimo e in pochi giri è già fuori dalla top ten con più di dieci secondi di ritardo dalla testa. Sembra l'arresa definitiva, ma intorno al settimo giro i suoi tempi iniziano ad abbassarsi ed è lì che inizia una rimonta fantastica che lo fa tornare sul podio dopo tre gare di astinenza. La gara delle Ducati è l'esatto contrario, partono fortissimo ma finiscono la gara senza più gomma. Intorno a metà Gran Premio ci sono addirittura quattro moto bolognesi davanti a tutti: insieme a Iannone e Dovizioso guidano il gruppo anche Redding e Barbera. Ma è l'ultimo acuto prima della crisi. Le rain morbide tradiscono per primo Dovizioso, che vede sgonfiarsi all'improvviso il suo pneumatico anteriore. L'ultimo a cedere è un tostissimo Iannone che lascia passare Crutchlow solo a cinque giri dal termine. Il pilota abruzzese passa in testa gran parte della gara, ma alla fine deve chiudere ottavo senza più gomma all'anteriore.

Il vero vincitore di giornata è ancora una volta Marquez che elimina Lorenzo dalla lotta al titolo e perde solo quattro punti da Rossi (+53). Anche lo spagnolo monta le morbide, ma la sua grande intelligenza e il suo immenso talento lo spingono a risparmiarsi un po' all'inizio, dove si mantiene intorno alla quinta posizione, e a venir fuori alla fine per poi salire sul podio. Lorenzo invece tocca il fondo della sua stagione e arriva perfino a litigare con il suo box. Il pilota Yamaha per un'incomprensione con il suo team passa addirittura due volte dalla pit lane per il cambio moto e alla fine chiude ultimo.