Tutto ha inizio nel marzo 2017 quando, nell'inchiesta della Procura di Pesaro sui traffici del medico Guido Porcellini e del suo assistente Antonio De Grandis, spunta il nome di Filippo Magnini. A giugno dello stesso anno si chiudono le indagini penali e il nome di Magnini non è tra i rinviati a giudizio. La Nado, però, apre un'indagine a livello sportivo e il 30 ottobre 2017 il due volte campione del mondo e l'ex compagno Santucci sono indagati dalla Procura antidoping per la violazione degli articoli 2.2 (consumo o tentato consumo di sostanze dopanti) e 2.9 (favoreggiamento) del Codice mondiale Wada il primo e per il 2.2 il secondo. Dopo un interrogatorio di ben 5 ore, Re Magno si era limitato a una stringata dichiarazione all'uscita dalla sede di Nado Italia allo stadio Olimpico di Roma: "Non possiamo parlare perché ci sono ancora in corso le indagini. Come mi sento? Normale, mi sento normalissimo". L'11 aprile di quest'anno il nuovo procuratore capo Pierfilippo Laviani convoca nuovamente Magnini, la cui posizione si aggrava: alle due violazioni se n'è aggiunta una terza, somministrazione o tentata somministrazione di sostanza vietata (articolo 2.8). Ultima tappa della vicenda è datata 5 giugno, con il deferimento di Magnini e Santucci e le pesantissime richieste di squalifica.